비영리법인의 취득세 감면후의 추징은 언제 이루어 지는가?

비영리법인의 지방세특례제한법 요건에 해당하는 비영리사업을 영위하고 있고 해당 비영리사업의 고뮤목적사업 또는 고유용도에 직접 사용할 목적으로 취득하는 부동산의 경우에는 취득세 감면을 받을 수 있습니다.

이러한 지방세법상의 취득세 감면은 비영리사업자의 공익성을 간접적으로 지원하기 위한 제도이므로 원래부터 비영리사업자의 고유목적사업에 사용할 목적이 없는 등 일정한 경우에는 취득세 감면을 적욯하지 않거나 해당 조항의 규정 취지와 달리 비영리사업자가 감면 받은 부동산을 사용하는 경우에는 사후적으로 감면된 취득세를 추징합니다.

당초에 수익사업 등의 목적으로 취득한 부동산을 고유목적사업에 직접사용하기 위하여 전용하는 경우에 취득세 감면을 적용 받을 수 있는가

취득세 감면은 취득세 납세의무가 성립시기에 비영리사업자의 의도에 따라서 납부할 취득세를 감면해 주는 제도이므로 납세의무완료이후에 비영리사업자의 사용 용도 또는 목적의 변경을 사유로 기존에 정상적으로 납부한 취득세을 환급신청 하는 등 감면을 적용할 수는 없습니다.

따라서 비영리사업자의 경우에는 취득시에 고유목적사업 직접사용 여부가 결정되어 있지 아니한 경우에는 사용유예기간이 존재하므로 취득시에 고유목적사업 사용을 전제로 취득세 감면신청하는 것을 고려해 불 수도 있습니다.

수익사업에 사용하는 경우에 어떠한 경우에도 취득세를 감면 받을 수 없는가

취득세 감면 규정을 지방세특례제한법상 각기 달리 규정하고 있기 때문에 수익사업에 사용하는 경우에는 취득세가 추징되는 구체적인 내용을 해당 조항을 검토하여하나 일반적인 경우에는 고유목적 사업에 사용하지 않고 수익사업에 먼저 사용하거나 고유목적사업에 사용한 기간이 단기(일반적으로 2년을 규정)내로 수익사업에 사용한 경우에는 취득세가 추징되는 것이 일반적이다.

따라서 취득세 감면을 적용 받기 위해서는 최소한 2년 이상 고유목적사업에 사용하는 것으로 고려할 필요가 있으며 있습니다.

어떠한 경우에 감면된 취득세를 추징하는가?

취득세감면를 추징되는 일반적인 경우는 지방세특례제한법상에 특별히 달리 규정하는 경우 이외에는 다음과 같은 경우에 감면된 취득세가 추징된는 것이 일반적입니다.

(1) 고유목적사업 또는 고유업무에 사용할 의도로 취득하였으나 고유목적사업에 사용하지 않고 먼저 수익사업에 사용하는 경우

(2) 유예기간내에 고유목적사업 용도로 사용하였으나 일정기간 미만 단기간 사용한 이후에 매각,증여하거나 수익사업목적으로 사용하는 경우

수익사업에 사용하는 경우의 수익사업의 판단은 어떻게 하는가?

지방세특례제한법상의 수익사업은 법인세법 제3조에 의한 비영리사업자의 수익사업 범위를 준용하고 있습니다. 따라서 비영리법인의 관계 법령 또는 해당 비영리법인의 정관 또는 법인등기부등본상에 목적사업 범위에 포함되는 경우에도 법인세법상 수익사업에 해당하는 경우에는 지방세법상 수익사업에 사용으로 보아서 취득세를 추징합니다.

따라서 비영리사업자인 의료법인의 의료행위는 의료법 및 자체 정관 등에 따라서 고유목적사업 또는 고유업무에 해당하나 법인세법상 수익사업으로 열거하고 있기 때문에 해당 사업에 사용할 경우에는 취득세가 감면 되지 않습니다. 다만 2014년 지방세특례제한법상 지방세법에서 별도로 의료법인의 의료행위를 수익사업에서 제외하도록 한 단서조항이 삭제되고 개별규정으로 의료법인도 감면 받을수 있도록 규정하고 있습니다.